当前世界上最罕见的鱼种是腔棘鱼，又称空棘鱼。这种鱼类的脊柱中空，曾在白垩纪之后的地层中销声匿迹，因此科学家曾认为它们已经全部灭绝。然而，1938年在非洲南部的科摩罗群岛附近捕获了一条腔棘鱼，引起了广泛关注。这条鱼被认为是腔棘鱼，为总鳍鱼类向两栖类进化的研究提供了重要证据。
此外，还有一些其他珍稀鱼类，如魔鳉、野生胭脂鱼和野生中华鲟等，它们都面临着数量急剧下降的问题，被列为濒危或易危物种。
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